Raziskave sindroma v teku so se osredotočile na imunski, endokrinski in živčni sistem - ti lahko igrajo veliko vlogo pri sindromu kronične utrujenosti. Genetski faktorji in faktorji okolja lahko igrajo vlogo pri razvitju ali trajanju bolezni, čeprav bo potrebno še veliko raziskav, da bo to stoodstotno potrjeno.

Sindroma kronične utrujenosti ne povzroča depresija, čeprav se ti dve bolezni velikokrat pojavita z roko v roki, je pa veliko pacientov s sindromom kronične utrujenosti, ki nimajo nikakršnih psihičnih motenj.

Nekateri znanstveniki so prišli do zaključka, da SKU povzroča virusna infekcija ter strupi, ki vstopijo v telo. Drugi znanstveniki zagovarjajo teorijo, da je kronična utrujenost povezana s stresom, prekomernim delom, fizično neaktivnostjo, težavami imunskega sistema, nizkim krvnim pritiskom ali hormonskim neravnovesjem. Možno je tudi, da Kolitis, hipoglikemija in bruceloza povzročajo sindrom kronične utrujenosti.

Internetna skupina, ki raziskuje SKU:

"Raziskave v teku kažejo na dejavnike kot so nevroendokrinska okvara, virusi, strupi iz okolja, genetske predispozicije ali komibnacija vseh teh. Zdi se, da se bolezen izzove kronično imunsko reakcijo v telesu."

"Nekatere raziskave v teku se osredotočajo na raziskovanje virusnih vzrokov, vključujoč HHV-6, ostale herpesne viruse, enteroviruse in retroviruse. Poleg naštetih se zdi, da velikok vlogo pri razvoju bolezni igrajo faktorji stresa, genetske predispozicije, spola, starosti in zgodovine obolenj pri posamezniku. "

"Veliko raziskovalcev je opazilo, da sindrom kronične utrujenosti lahko izzove nek stresni dogodek. Opaženo je bilo, da se sindrom kronične utrujenosti lahko razvije po virusni infekciji, po poškodbah glave, po operacijah, prekomerni uporabi antibiotikov ali kakšnih drugih stresnih dogodkih. Je pa precej neverjetno, da bi bil katerikoli od teh dogodkov primarni vzrok za razvoj bolezni."